Главный герой серии, подросток Наруто Удзумаки, является носителем девятихвостого демона-лиса, запечатанного в его теле. За двенадцать лет до начала событий, излагаемых в манге, демон-лис напал на деревню Скрытой Листвы (яп. 木ノ葉隠れの里 Конохагакурэ но сато?, или просто Коноха[9]), родную деревню Наруто. Ради спасения Конохи четвёртый хокагэ, глава селения, пожертвовал жизнью, чтобы запечатать дух зверя внутри своего новорождённого сына Наруто. Хокагэ желал, чтобы люди считали Наруто героем, поскольку отныне он сдерживал мощь девятихвостого лиса, однако население деревни восприняло Наруто как демона во плоти и возненавидело его. Поскольку упоминать об атаке лиса было запрещено, Наруто узнал о своей необычности лишь случайно, годы спустя.
Главные герои — Сакура Харуно, Наруто Удзумаки и Саскэ Утиха — со своими учителями Какаси Хатакэ и Ирукой Умино.

Манга делится на две части. В начале первой части Наруто с большим трудом завершает обучение и получает звание гэнина — начинающего ниндзя. Он и двое его одноклассников, Саскэ Учиха и Сакура Харуно, образуют команду под началом опытного сэнсэя Какаси Хатакэ. По мере развития сюжета Наруто находит новых друзей среди жителей деревни и овладевает новыми способностями, считая их необходимыми для того, чтобы в будущем исполнить свою мечту — стать хокагэ. Вскоре Коноха подвергается атаке: беглый ниндзя и разыскиваемый преступник Оротимару вместе со своими приспешниками нападает на селение, убивая его главу — третьего хокагэ. Будучи в состоянии меняться телами с другими людьми, Оротимару желает заполучить тело Саскэ Утихи, считая его наследственные способности подходящими для себя, так как Саскэ является представителем клана Утиха, наиболее одарённого среди ниндзя. Саскэ добровольно уходит к Оротимару, полагая, что тот даст ему возможность стать сильнее и отомстить своему старшему брату Итати. До начала событий манги Итати уничтожил весь клан Утиха за исключением Саскэ, для которого месть превратилась в смысл жизни. Наруто, желая вернуть ушедшего Саскэ, покидает Коноху и посвящает себя тренировкам. Он занимается с легендарным ниндзя Джирайей, бывшим товарищем Орочимару, чтобы подготовиться к следующей встрече и возможной битве с Саскэ.

Вторая часть манги, начинающаяся с 28 тома[10], описывает события, происходящие через два с половиной года после первой. Главному герою уже 16 лет. После тренировок с Дзирайей Наруто возвращается в деревню Скрытой Листвы и воссоединяется с повзрослевшими друзьями. Команда № 7, ранее состоявшая из Наруто, Саскэ и Сакуры, переформировывается. Теперь она называется «Команда Какаси», а место Саскэ в ней занимает другой молодой ниндзя — Сай. Ведущую роль противников Наруто и его друзей занимает организация Акацуки, члены которой стремятся захватить всех хвостатых демонов, включая и девятихвостого лиса, заточённого внутри Наруто. Тем временем Саскэ Утиха, закончивший обучение у Оротимару, предаёт его и отправляется на поиски своего старшего брата Итати, чтобы отомстить за уничтожение клана. Саскэ получает возможность сразиться с Итати и убить его. Однако после этого лидер Акацуки, Мадара Утиха, сообщает Саскэ, что убийство клана было поручено Итачи непосредственно руководством деревни Скрытой Листвы. Обозлённый этим открытием, Саскэ присоединяется к Акацуки с целью уничтожить Коноху. Тем временем, по приказу Мадары Утихи члены Акацуки атакуют деревню Скрытой Листвы. Ценой больших усилий жителям Конохи удаётся отбить нападение, однако сама деревня оказывается практически полностью разрушена. На совете кагэ — лидеров крупнейших селений ниндзя — Мадара Утиха объявляет, что собирает хвостатых демонов ради создания могущественной иллюзии, способной контролировать человечество. Когда руководители других селений отказываются помогать Мадаре, он объявляет о начале Четвёртой войны ниндзя.