Сюжет «Наруто» основан на отдельной короткой манге Масаси Кисимото, которая была опубликована в журнале «Akamaru Jump» в августе 1997 года[11][12]. По сюжету этой ранней работы, девятеро друзей победили девятихвостого лиса-демона, а единственный выживший из них теперь присматривает за сыном лиса — мальчиком по имени Наруто Удзумаки. Ровесники игнорируют Наруто, он отвечает им тем же и мстит за обиды, своими жестокими выходками еще больше отталкивая людей. Его наставник, видя, что у Наруто нет друзей, и понимая их важность для ребёнка, дает задание — привести одного друга, которому Наруто может довериться. Тот бесцельно бродит по городу в поисках потенциальных друзей и, случайно встретив пьяного художника Куроду, отводит его домой. В мастерской Куроды его ассистент Такаси Такано показывает Наруто картину, которую реставрирует Курода в данный момент, — «Символ» знаменитого мастера Сабуро. Все настолько опасаются похищения картины из мастерской, что даже приставляют к ней полицейского. Однако ночью ассистента Такаси убивают, а картину крадут. Подозрение падает на Наруто. Тот уговаривает Куроду ему довериться, уверяет, что не крал «Символ», и обещает найти настоящего преступника. Наруто расследует преступление и заходит в квартиру полицейского, охранявшего картину. Там он чувствует запах полотна (нюх его куда острее, чем у обычных людей) — и раскрывает преступный заговор защитников правосудия. Курода становится первым другом Наруто.
Мир этой манги больше похож на современный, чем в поздней версии «Наруто», — люди одеты в современную одежду, ездят на автомобилях, полицейские используют огнестрельное оружие. Единственные, кто применяют техники ниндзя, — сам Наруто Удзумаки и его наставник, воин, выживший после битвы с девятихвостым демоном. Результаты опроса среди читателей журнала показали, что история была встречена с очень большим интересом, но сам Кисимото был недоволен работой, считая рисунок никуда не годным, а сюжет — донельзя запутанным. В то время он работал над мангой «Karakuri», которая в 1995 году завоевала «Hop Step Award» (яп. ホップ☆ステップ賞 Хоппу сутэппу сё:?), премию журнала «Shonen Jump» для молодых авторов. Кисимото сделал большое количество набросков для «Karakuri», но так и не был ими удовлетворён, поэтому решил заняться новым проектом, что в конечном итоге вылилось в создание «Наруто»[8].
В своих интервью Кисимото нередко рассказывал о процессе создания манги. Например, окружающая обстановка в мире «Наруто», по его словам, была придумана спонтанно, без долгих размышлений. Тем не менее, автор признавал, что при рисовании деревни Конохи, одного из основных мест действия, он брал за образец ландшафт своей родной префектуры Окаяма в Японии[6]. В процессе создания персонажей Кисимото в поисках вдохновения обращался к разнообразной манге для юношей (сёнэн), однако старался, чтобы его герои были по возможности непохожи на других[13]. Разделение на команды было сделано специально, чтобы каждый отряд наделить уникальными свойствами. Кисимото планировал каждому члену отряда придумать собственные уникальные таланты и уязвимые стороны.[14] Что же касается завершения манги, то Кисимото ещё в 2006 году заявлял, что у него есть мысли по поводу последней главы, включая сюжет и текст. Автор, однако, замечал, что на завершение может уйти много времени, поскольку есть ещё много проблем, которые нужно разрешить в ходе повествования[15].