Музыкальные темы для аниме «Наруто» были созданы композитором Тосио Масудой. Первый диск под названием «Naruto Original Soundtrack» был выпущен 3 апреля 2003 года и содержал 27 треков из первого сезона аниме[71]. Второй, «Naruto Original Soundtrack II», вышел 18 марта 2004 года и состоял из 19 композиций[72]. Третий, «Naruto Original Soundtrack III», включающий в себя 23 трека, был выпущен 27 апреля 2005 года[73].
Два диска, содержащие все начальные и завершающие темы из аниме, вышли 17 ноября 2004 года и 2 августа 2006 под названиями Naruto: Best Hit Collection и Naruto: Best Hit Collection II соответственно[74][75]. Одна из закрывающих тем, композиция «Wind» исполнителя Акэбоси, в 2002 году заняла 10-е место в двадцатке лучших аниме-песен по версии журнала «Animage»[76], а год спустя начальная тема «Kanashimi wo Yasashisa ni» оказалась в этом списке на 11-м месте[38]. Из всех композиций сериала были отобраны восемь и выпущены как «Naruto in Rock -The Very Best Hit Collection Instrumental Version-» 19 декабря 2007 года[77]. Также свой саундтрек-альбом вышел и к каждому из трех полнометражных фильмов[78][79][80]. Кроме того, были записаны различные аудио-постановки[81].
Саундтрек к «Naruto: Shippuuden» был создан Ясухару Таканаси. Первый диск, «Naruto Shippuuden Original Soundtrack» вышел 9 декабря 2007 года[82]. CD «Naruto All Stars» был выпущен 23 июля 2008 года и состоит из ремиксов 10 песен оригинального сериала, исполненных его героями[83]. К трём фильмам сиквела также были изданы саундтрек-альбомы.